净化车间微生物的污染控制是比较困难的，原因在于微生物的无处不在，因此需要严格的管理，并限制人流物流。良好的除尘、防菌措施，例如：防尘服、防静电设施等均是生物洁净技术中十分重要的内容。

净化车间微生物污染的控制，从生物洁净技术的角度而言，有四个原则：

1、对进入净化车间的空气充分地进行除菌或灭菌(如用高效滤器、电子自净气、臭氧发生器等)。

2、使室内微生物颗粒*而有效地吸收并排出室外(换气次数及较佳的进风口与回风口的设计)。

3、不让室内的微生物粒子集聚和衍生(气流组织形式及合格的净化装修)。

4、防止进入室内的人员或物品散发细菌，如不能防止，则应尽量限制其扩散。

在上述原则中：1和4两项与除菌及灭菌的措施，操作及管理有关。而2和3两项与室内气流组织换气次数有关。良好的气流组织可以使这两项内容得以完成。